Процедура жеребьевки была утверждена на заседании бюро исполкома 5 июня. Команды будут разделены на четыре корзины в соответствии с занятыми местами по итогам розыгрыша РПЛ сезона 2023/24. В первую корзину войдут команды, занявшие 1-4 места в РПЛ прошлого сезона, во вторую – 5-8, третью – 9-12, четвертую – Пари НН (13 место), «Акрон» (победитель стыковых матчей), «Химки» (победитель Первой лиги) и «Динамо» г. Махачкала (серебряный призер Первой лиги).

В ходе жеребьевки по группам поочередно будут распределены команды первой, второй, третьей и четвертой корзин. Как и в прошлых двух сезонах (2022/23, 2023/24), в одной группе Пути РПЛ могут оказаться не более двух команд из Москвы и Московской области, а также не более одной команды из региона, в котором действует режим временного ограничения полетов («Краснодар», «Ростов», «Факел»). 

В Пути РПЛ FONBET Кубка России сыграют 16 клубов Мир Российской Премьер-лиги, которые будут разделены на четыре группы. Команды сыграют два круга, всего шесть матчей. Клубы, занявшие первые два места в каждой группе, отправятся в верхнюю сетку второй стадии (плей-офф), третья команда группы – в нижнюю сетку второй стадии (плей-офф), последняя команда каждой группы закончит участие в турнире.